I Bymuseet fokuseres på asylbyen og fristaden, de religiøse forskelle, integrationsprocesserne, handels-, håndværks og industribyen, forlystelseslivet og udviklingen i det 20. århundrede. Avlsbruget og Fredericia som messeby har i de nye udstillinger også fået en central plads. Bunkermuseet om civilbefolkningens levevilkår under besættelsen 1940-45 samt særudstillinger. Her særlige åbningstider.